Der Begriff «Paludismus» stammt vom lateinischen palus, was «Sumpf» bedeutet. Lange Zeit brachte man die Krankheit mit sumpfigen Gebieten in Verbindung, in denen sie besonders verbreitet war. Der Ausdruck «Malaria» hingegen kommt aus dem Italienischen mala aria — wörtlich «schlechte Luft». Vor der Entdeckung der Rolle der Mücken ging man nämlich davon aus, dass die Krankheit durch die schlechte Luft feuchter Regionen verursacht wird.
Heute weiss man, dass «Paludisme» durch infizierte Mücken übertragen wird, doch diese beiden historischen Bezeichnungen sind im allgemeinen Sprachgebrauch erhalten geblieben. Im Deutschen wird in medizinischen und offiziellen Kontexten eher der Begriff Malaria verwendet, während «Paludisme» vor allem im Französischen gebräuchlich ist.