Doté initialement de 30.5 milliards de francs (12.95 mia./Rail 2000 ; 14.19 mia./NLFA ; 1.16 mia./Raccordement au réseau grande vitesse ; 2.17 mia./mesures contre le bruit), le fonds de financement des transports publics (FTP) est aujourd’hui menacé par l’explosion des coûts des Lignes ferroviaires transalpines (NLFA). Les coûts de ces dernières, estimés à 14.2 milliards de francs au milieu des années nonante s’élèvent aujourd’hui à 19.1 milliards de francs.

Le Conseil fédéral, conformément au cadre financier voté par le peuple en 1998, a présenté un projet de 2e étape Rail 2000 (projet ZEB) largement redimensionné. En effet, après avoir investi environ 5.9 milliards dans Rail 2000, 1re étape, il propose désormais d’investir 5,2 milliardsdans le ZEB, qui porte essentiellement sur l’amélioration de l’infrastructure ferroviaire sur le Plateau, entre les grandes agglomérations du pays. Compte tenu des dépassements liés aux NLFA, un certain nombre de projets votés en 1998, vitaux pour le transport des voyageurs sur le Plateau, ont dû être sacrifiés: 3e voie Lausanne-Genève, Zimmerberg, Heitersberg, Brütten et Wisenberg (percée sud du Jura).